Το ΙΚΥ συνεργάζεται με Ευρωπαϊκούς Οργανισμούς (Academic Cooperation Association-ACA, Deutscher Akademischer Austauschdienst-DAAD, European Space Agency-ESA, European Organization for Nuclear Research-CERN) με στόχο την από κοινού ανάπτυξη προγραμμάτων ενίσχυσης της ερευνητικής κινητικότητας, αλλά και πολιτικών στον τομέα της διεθνούς συνεργασίας.