Ως Εθνικός Φορέας Υποτροφιών, σχεδιάζει, προκηρύσσει και υλοποιεί, ετησίως, προγράμματα υποτροφιών εσωτερικού και εξωτερικού. Το Πρόγραμμα χορήγησης υποτροφιών για μεταπτυχιακές και διδακτορικές σπουδές στην Ελλάδα και στο εξωτερικό ακολουθεί τη διαδικασία εξατομικευμένης αξιολόγησης σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα. Οι εν λόγω υποτροφίες χορηγούνται στο πλαίσιο του επιχειρησιακού προγράμματος «Εκπαίδευση και Διά Βίου Μάθηση» και συγχρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση (Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο-ΕΚΤ) και από εθνικούς πόρους.

    Ειδικότερα, οι υποτροφίες του ΙΚΥ συνοψίζονται σε προπτυχιακές και μεταπτυχιακές υποτροφίες από το Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο-ΕΚΤ και τα έσοδα κληροδοτημάτων, σε βραβεία και υποτροφίες εισαγωγής και επίδοσης σε φοιτητές Ιδρυμάτων Ανώτατης Εκπαίδευσης και σε μαθητές Τ.Ε.Ε., καθώς και σε υποτροφίες για μεταπτυχιακές σπουδές στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Φλωρεντίας (Ε.Π.Ι.Φ.). Επιπλέον, το ΙΚΥ χορηγεί υποτροφίες σε αλλοδαπούς για μεταπτυχιακές σπουδές και εκμάθηση της ελληνικής γλώσσας.

     Το ΙΚΥ παραμένει ένας σημαντικός θεσμός για τη διαμόρφωση ερευνητικών συνεργασιών που συμβάλλουν στην πρόοδο και την ανάπτυξη της χώρας και στη διαμόρφωση εκπαιδευτικής πολιτικής. Συμπράττει με Ευρωπαϊκούς Οργανισμούς (Academic Cooperation Association – ACA, Deutscher Akademischer Austauschdienst-DAAD, European Space Agency-ESA, European Organization for Nuclear Research-CERN) με στόχο την από κοινού ανάπτυξη προγραμμάτων ενίσχυσης της ερευνητικής κινητικότητας, αλλά και πολιτικών στον τομέα της διεθνούς ακαδημαϊκής συνεργασίας. Επιπλέον το ΙΚΥ είναι η Εθνική Μονάδα Συντονισμού του ΕυρωπαϊκούΠρογράμματος «Δια Βίου Μάθηση», Lifelong Learning Programme — LLP (2007-2013).

Το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών δεν είναι απλώς ένας φορέας υποτροφιών, αποτελεί ζωτικό και αναπόσπαστο κομμάτι της ελληνικής κοινωνίας που στηρίζει και προωθεί τη δημιουργικότητα και το καινοτόμο πνεύμα. Επενδύει στο ανθρώπινο κεφάλαιο με στόχο να αναδείξει τις πρωτοποριακές δυνάμεις της χώρας μας. Αυτές είναι οι δυνάμεις, οι νέοι μας,  που μπορούν να αποτελέσουν την εμπροσθοφυλακή για να ξαναγίνουμε μία κοινωνία δράσης και δημιουργικής προσαρμογής.

   ''Οι Υπότροφοί μας είναι το έργο μας, καθώς αποδεικνύουν ότι υπάρχει μία Ελλάδα που είναι συμβατή με το σύγχρονο κόσμο.  Αυτή η Ελλάδα αποτελεί το μέλλον μας.''